Johannes Hinterholzer studierte bei Josef Mayr und Radovan Vlatkovic an der Universität „Mozarteum“ in Salzburg. Von 1997 bis 2009 war er Solohornist des Mozarteumorchesters Salzburg und seit 2012 ist er Solohornist der Camerata Salzburg. Er trat als Solist u.a. mit der Camerata Salzburg, dem  Mozarteumorchester Salzburg, dem Tokyo Metropolitan Symphony Orchestra oder dem Collegium Musicum Copenhagen auf. 2007 debütierte er mit Mozarts Hornkonzert KV 495 bei den Salzburger Festspielen. Seit 2000 spielt er regelmäßig in Orchestern wie dem Berliner Philharmonischen Orchester, dem Bayrischen Staatsorchester oder dem Mahler Chamber. Neben zahlreichen Recitalprogrammen wirkt er auf dem Barock- und Naturhorn bei Les Musiciens du Louvre, Il Giardino Armonico, Concentus Musicus Wien und in vielen anderen internationalen Ensembles mit. 2006 erschien beim Label Oehms Classics eine Gesamtaufnahme der Hornkonzerte Mozarts mit Johannes Hinterholzer und dem Mozarteum Orchester Salzburg unter Ivor Bolton. Seit Herbst 2008 ist er Professor für Horn an der Musikhochschule München.